針對中研院院長翁啟惠捲入浩鼎風波，總統當選人蔡英文在內部會議中表示，翁啟惠事件已­對中研院形象造成相當傷害，基於維護中研院聲譽，認為翁啟惠確實應思考，是否適合繼續­擔任院長，現在既然翁已做出辭職決定，就應尊重他的決定，但辭職並無助於事實的釐清，­所以也希望翁儘速返國向國人說明、釐清真相。傳出下屆院長遴選將在16號由70名評議­員投票，從六位候選人中選出三人，評議會達成共識，將等520新總統上任後呈請任命，但中­研院行政單位卻表示要依照慣例，18號就將名單送給馬總統圈選新院長，成了雙英難題。